清朝的满洲八旗，有上三旗，和下五旗之分。上三旗有皇帝同意调配。且上三旗都是满人。
清军入关前，正黄旗、镶黄旗、正蓝旗由皇太极亲自统领，是皇帝的亲兵，称为“上三旗”。余下的正红旗、镶红旗、镶白旗、正白旗、镶蓝旗，称为“下五旗”，由亲王、贝勒、贝子掌管，驻守各地。入主中原后，多尔衮将自己所领的正白旗纳入上三旗，而将豪格统领的正蓝旗降入下五旗，此后未再变动。多尔衮病逝后，顺治皇帝接管正白旗的统领权。
上三旗为镶黄、正黄、正白。每旗设满、蒙、汉三军，分别为镶黄满、镶黄蒙、镶黄汉，正黄满、正黄蒙、正黄汉，正白满、正白蒙、正白汉。皇帝可任命皇子统领。原则上都为皇帝亲军，但实际上只有满、蒙上三旗才能充任，汉军上三旗实缺额。
努尔哈赤晚年，沿用过去的遗制，将八旗作为家族的私产，在亲近子侄中分配。领旗的旗主（和硕贝勒）享有在经济、政治上均等的特权。皇太极继位后，为了强化自己的统治地位，在八旗增设管旗大臣，由大臣牵制八旗诸王。
此后，皇太极又陆续削夺阿敏、莽古尔泰两大旗主，直接统辖正黄、镶黄、正蓝旗，此为“旧”的上三旗（这个时候其实还没有上三旗的说法），但其余各旗仍分别由和硕亲王执掌。
顺治元年，多尔衮以旗主身份摄政，实际秉持最高统治权。多尔衮与阿济格、多铎是同母兄弟，原领有实力雄厚的两白旗。顺治五年，豪格被多尔衮治罪，乘机将隶属皇太极一家的正蓝旗夺为己有。多尔衮兄弟实领两白一蓝三旗，威权自专，对顺治帝形成了巨大的压力。
顺治七年，多尔衮病死，顺治亲政，随即对多尔衮实行大清算。通过一系列的努力，顺治帝巩固了皇权，他在原有两黄旗的基础上，又将多尔衮的正白旗划归己有，成为了“新”的上三旗。此后一直到清末，正黄、镶黄、正白始终都是皇帝亲领的上三旗。
上三旗的地位自顺治朝形成后，那么其他的五旗自然也就成了下五旗。它们之间的政治、经济地位也逐步体现出来。
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