南通市辖3个区、1个县、代管4个县级市。
市辖区
1.崇川区
崇川区，隶属于江苏省南通市，位于江苏省中部，长江入海口北岸，是南通市市委、市政府驻地。总面积215平方千米。
2.通州区
通州区，江苏省南通市市辖区，南通市主城区之一，位于江苏省东南部，总面积1525.74平方公里。
3.海门区
海门区，江苏省南通市市辖区，位于江苏省东南部，与上海隔江相望，素有“江海门户”之称，被誉为“北上海”。
县级市
4.如皋市
如皋市，江苏省辖县级市，由南通市代管，省级历史文化名城。全市总面积1477平方公里（不含长江水面）。
5.启东市
启东市，江苏省南通市代管的县级市，地处万里长江入海口北侧，三面环水，形似半岛，集黄金水道、黄金海岸、黄金大通道于一身，是出江入海的重要门户，也是江苏日出最早的地方，启东市陆地面积1208平方公里。
6.海安市
海安，江苏省南通市代管的县级市，由“海水永不扬波”之意而得名，地处江苏省中南部，位于南通、盐城、泰州三大市交界处，全市总面积1184平方公里。
县
7.如东县
如东县，江苏省南通市下辖县，位于江苏省东南部、长江三角洲北翼。如东县以原为如皋县东乡而得名。陆域面积1872平方千米，海域面积4758平方千米。
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