根据《满文老档》的记载，“汉军”这个词最早出现于天聪八年，此前汉人军队有另外一个名字——汉兵。汉兵正式形成一个固定组织，至迟不超过天聪四年，当时汉兵共有六个甲喇，丁壮3万余人。
天聪七年正月，开始出现“旧汉兵一旗”的说法，当时后金的军队编制，共有满洲八旗、蒙古二旗、旧汉兵一旗。
天聪时期的汉兵，是一支特种作战部队，主要装备的是明军的火器。天聪五年后金开始大规模地铸造“红衣大将军炮”以对抗辽东明军。红衣大炮的铸成，不仅在八旗军事史上具有划时代的意义，而且直接促成了汉军旗的诞生。
当年的正月二十一日，红衣大炮铸成不久，皇太极便命佟养性总理一切汉人军民事务。这样，汉兵就不再是一个单纯的军事组织，同时也具有行政、司法、社会等职能。
崇德二年，皇太极将原先的“旧汉兵一旗”正式分为两旗，左翼以石廷柱为固山额真，右翼以马光远为固山额真（这一时期佟养性已去世），并照满洲八旗例编定牛录。汉军两旗成立后，马步兵近万余人。
两年后即崇德四年，汉军两旗又分为四旗，以马光远为两黄旗属下汉军固山额真，石廷柱为两白旗属下汉军固山额真，王世选为两红旗属下汉军固山额真，巴颜为两蓝旗属下汉军固山额真。
到了崇德七年，汉军四旗最终分为八旗，分别以祖泽润、刘之源、吴守进、金砺、佟图赖、石廷柱、巴颜、李国翰为各旗固山额真，至此，汉军八旗制大体完备。
汉军八旗成立后，与满洲、蒙古一样，皆是关外时期的重要作战部队，基本上没有主次之分，汉军八旗也几乎参与了每一次大战，并立下显赫的战功。事实上，在八旗内部，满洲贵族也没有把汉军旗当成外人，从来都是一家人。
汉军八旗成立之初，有一个问题还是需要说明一下的。当时汉军旗人的旗籍带有双重性，他们既是汉军旗人，同时又是原属满洲旗人。以马光远来说，他向皇太极汇报工作时，都说自己是“满洲正蓝旗总兵官”。这也说明当时的汉军旗人仍认为自己是满洲八旗的一份子。
我们在讨论关外汉军八旗的时候，应该认识到这样一个问题，那就是关外的汉军八旗满洲化倾向很浓，甚至可以认为入关前的汉军旗人的民族成分就是满洲人。
清入关后，整顿旗制，满人与汉军待遇就有很大的区别：汉军都统、副都统往往由满洲宗室、显贵担任；在兵种分配上，待遇高、钱粮丰厚的兵种如前锋、护军，历来为满、蒙专任，汉军只能充任编制多、收入较低的马兵、步兵。就是在饷银上，汉军的待遇也远远不及满洲、蒙古。
在法律上，清廷规定：满、蒙旗人家口，不许卖与汉军、民人，也不许私赠；汉军家人不准卖于民人，违者都要惩处。意思是说，满、蒙可以恣意占有、役使汉人家奴，汉军与民人却没有资格置买满、蒙旗人家奴。
乾隆七年（1742年）四月，乾隆帝发出一道著名的谕旨，严令汉军出旗为民。这道谕旨中说：汉军原本是汉人，先后归旗的原因也不一样，其中有从龙（关外时投降或俘虏）人员子孙，这批人因祖上有功勋，可以不用出旗为民，其他的汉军子弟，如果愿意可以出旗，准许他们与当地民人一样编入保甲。
乾隆帝表面上讲，汉军是否出旗听凭自愿，实际上却采取了大规模的强制措施，除了从龙入关的汉军除外，其他汉军均在出旗之列。随即，各省驻防汉军旗人也被强令出旗，截至乾隆四十四年（1779年），除广州驻防的一千五百名汉军外，其他地方的驻防汉军全部被清除。与此同时，满、蒙、汉军旗内凡是有汉人血统的家人，均被清除出八旗。
新汉军出旗后，留在八旗之内的已基本是陈汉军后裔，他们早在清初就已满化，从满俗说满语，来华法国传教士白晋在其著作《康熙大帝》中将他们称作“鞑靼化的汉人”。乾隆末年，由清朝官方编纂的《国史列传》中更将汉军名人列入《满名臣传》之中。至清末，旗内满洲、蒙古、汉军之界限更是早已消逝，旗人群体产生了共同的心理状态。
故而在民国之后，汉军后裔大都选择认同满族，已不被汉人看作是同胞。若以古推今、因其祖先来源于汉人而称其为汉族人的话，可能会招致对方的不悦。汉军后裔认同满族者以平南王尚可喜之裔较为知名，在清朝时期尚氏家族曾用满姓沙格达氏，近年来还有媒体报道过尚氏后人并提及其满族身份。此外，清代曾隶属于满洲正白旗的明朝开国元勋常遇春九世孙常朗后裔也认同满族。
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